学校按照机构健全、职责清晰的原则，为减少部门职能交叉，更好地履行学校内部监督职能，2015年学校机构改革，将原监察审计处分成了监察处和审计处两个独立单位。审计处下设财务审计科和工程审计科两个科室。

审计处现有审计人员7名，其中：处长1人，副处长1人；硕士以上学位3人；高级职称2人、中级职称4人；3人取得全国注册造价师资格、1人取得法律职业资格；专业涉及经济管理、法律、财务管理和工程造价等。

审计处在学校党委、学校主要负责人的直接领导下开展内部审计工作，向其负责并报告工作，同时接受上级主管部门业务指导和监督。审计处围绕学校本科人才培养中心工作，服务学校发展大局，对学校及所属单位财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进学校完善治理、实现学校国际知名的全国一流农业大学的办学目标。

学校先后被四川省内部审计协会评为“2014-2016年度全省内部审计先进集体”，被四川省教育审计学会评为“2016-2018年度四川教育审计先进单位”和“2019-2021年度四川教育审计先进集体”。